Cependant, Marzouki a souligné que l’ouverture de ce bureau ne signifie pas le rétablissement des relations diplomatiques avec la Syrie en précisant qu'il avait exprimé ses critiques à Mehdi Jomâa. Il a adressé des critiques virulentes contre Bachar Al Assad et les récentes élections, qu’il a qualifiées de falsifiées.