Les formes géométriques simples qu’il utilise (carrés, cercles) sont disposées à l’intérieur d’une trame orthogonale régulière selon un programme établi au préalable et toujours fondé sur un calcul à partir de nombres. Ses tableaux sont constitués de morceaux de carton posés à bords vifs et marouflés sur la toile, recouverts ensuite de nombreuses couches de peinture. L’artiste obtient ainsi un effet de relief sur la surface qui accroche la lumière et rend la composition changeante. Les formes en creux ou en relief y sont parfois obtenues par incisions, qu’il nomme « biseautages ».

Honegger a voulu également faire intervenir le hasard dans la programmation de ses œuvres et a utilisé pour cela l’ordinateur ou plus simplement un jeu de dés. Dans la sculpture, qu’il pratique aussi à partir de 1968, prédominent l’étude des volumes, composés de cubes, de sphères et de leurs multiples, et l’établissement de structures et de rapports également fondés sur des systèmes.