En 702 se déroule à Tabraqua la dernière bataille entre la civilisation berbère, dirigée par leur reine Kahena, et les Arabes dirigés par Hassan Ibn Numan qui, après avoir pris Carthage, reçoit 50 000 hommes en renfort du calife Abd al-Malik[2].

Île de Tabarka vers 1770

Sachant sa défaite imminente, la reine aurait fait pratiquer la politique de la terre brûlée en vue de dissuader l'envahisseur de s'approprier les terres. Elle fait détruire les châteaux, les réserves alimentaires et brûler les récoltes et les vergers, s'aliénant ainsi une partie de son propre peuple et la défection de certains Berbères qui se soumettent aux Arabes. Finalement, après une tentative de trahison de la reine, celle-ci est capturée et décapitée dans un ravin et sa tête ramenée au calife.

De 1542 à 1742, l'île de Tabarka est habitée par de nombreux colons, appelés Tabarquins, venant de Pegli. Principalement pêcheurs de corail et commerçants, ils sont organisés par la noble famille génoise des Lomellini, qui avait reçu l'île en concession de Khayr ad-Din Barberousse (droits confirmés par l'empereur Charles Quint), selon une légende, pour prix de leur intermédiation lors de la libération du corsaire Dragut. En raison du déclin économique de l'île et de sa surpopulation, des membres de la colonie commencent à émigrer en 1738 sur l'île San Pietro, près de la Sardaigne, où ils fondent la ville de Carloforte avec l'appui du roi Charles-Emmanuel III de Sardaigne. L'assaut de l'île par le bey de Tunis en 1742 déclenche la dispersion des habitants libres ou esclaves.

En 1952, le dirigeant nationaliste Habib Bourguiba, qui deviendra par la suite président de la Tunisie, est exilé à Tabarka puis sur La Galite par les autorités coloniales françaises..