من العلوم ان الديوان الوطني للتطهير يتبنى حاليا 6 بلديات بولاية جندوبة وهي جندوبة، بوسالم، عين دراهم، طبرقة، غار الدماء وفرنانة أما البلديات التي مازالت غير متبناة من قبله فهي وادي مليز وبني مطيرممّا ساهم في ارتفاع معدل الربط في كامل الجهة بما في ذلك المدن غير المتبناة الى 88 %.
ورغم ما تشهده الجهة من إنجازات هامة في مجال التطهير إلا أن هذا القطاع مازال يشكو من بعض الضغوطات والنقائص تتمثل أساسا في عدم تبني كل مدن الولاية من طرف الديوان وما ينتج عن ذلك من تأثير سلبي على نوعية الخدمات المقدمة في هذا المجال وتدني نسبة الربط بالشبكة العمومية للتطهير بمدن طبرقة وعين دراهم الى جانب تدني نسبة تثمين المياه المعالجة واستغلالها مباشرة في المجال الفلاحي حيث يقتصر استغلالها حاليا على ري ملعاب الصولجان بطبرقة وبنسبة محدودة كما نسجّل غياب تثمين الحمأة الجافة واستغلالها في المجال الفلاحي مع توسع بعض التجمعات الريفية وافتقارها لمنظومة تصريف ومعالجة المياه المستعملة على غرار قرى ملولة وورغش كما نتج عن التوسع الديمغرافي بالمدن الكبرى وخاصة بكل من جندوبة ، بوسالم وغار الدماء بروز بعض الأحياء المجاورة غير المرتبطة بشبكة التطهير ممّا يحتّم وضع استراتيجية جديدة لمراجعة شبكة التطهير بالجهة بهدف تعميمها وفق التوسّع البلدي الحالي خاصة مع بعث بلديات جديدة.
