منذ اللحظة التي استولت فيها جماعة الإخوان على الحكم في مصر، بدأت قضية سد النهضة الأثيوبي تتفاقم، وسرعان ما استغلت إثيوبيا هذه الفترة الحساسة للبدء في مشروعها الذي يشكل تحديًا حقيقيًا لمصر والسودان، وحقوقهما التاريخية في مياه النيل. كانت هذه الفترة الحرجة مؤشرًا على الأخطاء الجسيمة في تعاطي جماعة الإخوان مع القضايا السياسية والأمنية.